Hasta el momento, el Sidonia se había limitado a defenderse ante la amenaza de los Gauna, pero la capitana decide pasar a la acción y aniquilarlos atacándolos activamente. La decisión había sido pospuesta en espera de que Nagate pudiera desarrollarse hasta ser considerado un piloto heroico de Guardián. Paralelamente, cada vez se van conociendo más detalles acerca de las retorcidas investigaciones del científico Ochiai. ¡¡La lucha entra ahora en una nueva fase!!